A fines de 1949 se inició la construcción de laboratorios secretos destinados a este proyecto en la Isla Huemul, en el lago Nahuel Huapi de la Patagonia argentina. En marzo de 1951 Richter comunicó a Perón que los experimentos habían tenido éxito y el gobierno anunció:
"El 16 de febrero de 1951 en la Planta Piloto de Energía Atómica en la Isla Huemul, de San Carlos de Bariloche, se llevaron a cabo reacciones termonucleares bajo condiciones de control en escala técnica."
Perón anunció que la energía de fusión nuclear sería distribuida a domicilio en recipientes similares a las botellas de leche que eran comunes en esos tiempos. Desde 1948 el físico alemán Ronald Richter presentó al Presidente Perón un proyecto para desarrollar la fusión nuclear controlada, posibilidad que en ese momento no había logrado ningún laboratorio en el mundo y que a 2006, es un tema de gran interés porque implicaría contar con una fuente prácticamente inagotable de energía, que se pensaba utilizar en la transformación industrial del país. Esto entusiasmó al gobierno y Richter inició sus trabajos en el Instituto Aerotécnico de Córdoba donde por otra parte el Ing. Kurt Tank llevaba a cabo experiencias exitosas en el diseño y construcción de aviones retropropulsados.
La Comisión Nacional de Energía Atómica a cuyo frente estuvo primeramente el Coronel Enrique P. González y a partir de 1952 el Capitán de Fragata Pedro Iraolagoitia, había sido creada en mayo de 1950. Tenía entre sus objetivos brindar apoyo al proyecto Huemul, pero no se limitó a esto sino que, primero González y luego Iraolagoitia en mayor medida, consultaron a los expertos que tenían a la mano sobre la idoneidad de Richter y la veracidad de sus afirmaciones.
Así, en septiembre de 1952 la Isla Huemul fue visitada por una comisión fiscalizadora integrada por José Antonio Balseiro, Mario Báncora, Manuel Beninson, Pedro Bussolini y Otto Gamba. Los pormenores sobre la constitución de esta comisión fiscalizadora y sus conclusiones están muy bien descriptas y documentadas en el libro "El Secreto Atómico de Huemul" de Mario Mariscotti.
Balseiro fue traído especialmente de Manchester para integrar esta comisión. Su participación en la misma fue en realidad fortuita, pero finalmente resultó una de las más relevantes.
Balseiro y Bancora denunciaron el engaño y la imposibilidad de tal proyecto que se había mantenido, con un gran presupuesto y en absoluto secreto, en la Isla Huemul. Los informes, concisos y sobrios, y sus argumentos detallados, fueron decisivos cuando a los pocos meses Iraolagoitia dio por concluido el Proyecto Huemul.
La isla recibió, posteriormente y a raíz de este proyecto, el apodo "la isla de la Huemul-a" y "la isla de la Mula" (ver Notas). Además del informe Balseiro, la historia del proyecto fue objeto de una ópera, un libro, y varios artículos y cartas en revistas científicas.
Según Cardona, Cohen, y Louie, en la biografía de Leo Falicov, el costo total del proyecto fue de unos 300 millones de dólares (en valor corriente en 2003).
Luego de esto Balseiro y Báncora quedaron vinculados a la CNEA a la que se habían incorporado otros científicos que volvían del exterior como también algunos que habían sido alejados de la Universidad por el gobierno. Al concluirse el Proyecto Huemul, la CNEA ya había iniciado actividades de investigación en sus instalaciones de Buenos Aires. Así se habían comprado el sincrociclotrón y un acelerador de cascadas que dieron origen al desarrollo de la física nuclear en la Argentina. Se formó un grupo de radioquímica con el Prof. Walter Seelman-Eggebert que hizo aportes originales identificando diversos isótopos nuevos. Grupos de radiación cósmica, que se habían iniciado en la Universidad de Buenos Aires, encontraron su ámbito allí. Al poco tiempo se iniciaron actividades en metalurgia, ya que para ese entonces la CNEA había decidido que se dedicaría a desarrollar las bases necesarias para la tecnología de reactores cubriendo todas las áreas científicas conexas.